彭城


研究员/ chengpeng@ynu.edu.cn/功能基因组学


彭城

研究员 博导

邮箱:chengpeng@ynu.edu.cn


个人简历

1999年9月-2003年6月,湖北大学,计算机科学与技术,学士

2003年9月-2006年6月,湖北大学,系统分析与集成,硕士

2006年9月-2011年12月,上海交通大学,计算机软件与理论,博士

2008年12月-2010年11月,美国加州大学伯克利分校,生物工程,访学

2011年12月-2014年6月,华中农业大学,生命科学技术学院,历任讲师和副教授

2014年6月-2019年6月,华中农业大学,信息学院,副教授

2019年6月-2020年5月,云南大学,生命科学学院,副教授

2020年5月-至今,云南大学,生命科学学院,研究员


研究方向

1、单细胞多组学:开展单细胞转录组、单细胞表观组和空间转录组等单细胞多组学的计算和应用研究。

2、神经发育:使用遗传学、生物化学和单细胞多组学等方法,研究重要基因调控神经发育的分子机理。


招生说明

课题组在生物信息学、生物化学与分子生物学、生物与医药(生化方向)三个专业招生。


代表性论文(#表示共同第一作者,*通讯或共同通讯作者)

1. Yingzhou Hong#, Kai Song#, Zongbo Zhang#, Yuxia Deng, Xue Zhang, Jinqian Zhao, Jun Jiang, Qing Zhang, Chunming Guo*, Cheng Peng*. The spatiotemporal dynamics of spatially variable genes in developing mouse brain revealed by a novel computational scheme. Cell Death Discovery, 2023, 9: 264.

2. Dan-Ya Wu#, Xinxin Li#, Qiao-Ran Sun, Cheng-Li Dou, Tian Xu, Hainan He, Han Luo, Haitao Fu, Guo-Wei Bu, Bingbing Luo, Xia Zhang, Bin-Guang Ma,Cheng Peng*, Yi-Liang Miao*.Defective chromatin architectures in embryonic stem cells derived from somatic cell nuclear transfer impair their differentiation potentials.Cell Death & Disease, 2021, 12:1085.

3. Han Luo#, Xinxin Li#, Haitao Fu,Cheng Peng*. HiCHap: a package to correct and analyze the diploid Hi-C data.BMC Genomics,2020, 21:746.

4. Zi Wen, Zhi-Tao Huang, Ran Zhang,Cheng Peng*. ZNF143 is a regulator of chromatin loop.Cell Biology and Toxicology, 2018, 34:471-478.

5. Xiao-Tao Wang, Wang Cui,Cheng Peng*. HiTAD: detecting the structural and functional hierarchies of topologically associating domains from chromatin interactions.Nucleic Acids Research, 2017, 45(19): e163.

6. Xiao-Tao Wang, Peng-Fei Dong, Hong-Yu Zhang,Cheng Peng*. Structural heterogeneity and functional diversity of topologically associating domains in mammalian genomes.Nucleic Acids Research, 2015, 43(15):7237-7246.

7.Cheng Peng#*, Liang-Yu Fu#, Peng-Fei Dong, Zhi-Luo Deng, Jian-Xin Li, Xiao-Tao Wang, Hong-Yu Zhang*. The sequencing bias relaxed characteristics of Hi-C derived data and implications for chromatin 3D modeling.Nucleic Acids Research, 2013, 41(19):e183.

8.Cheng Peng, Teresa Head-Gordon*. The Dynamical mechanism of auto-inhibition of AMP-activated protein kinase.PLoS Computational Biology.2011,7:e1002082.

9.Cheng Peng*, Liqing Zhang, Teresa Head-Gordon*. Instantaneous normal modes as an unforced reaction coordinate for protein conformational transition.Biophysical Journal.2010,98:2356-2364.


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